A Lyme borreliosis kórfolyamata kezdettől krónikus és az egész szervezetet támadja.
A kórt kiváltó baktérium Spirochéta formájú , a hullámzó mozgású, jellegzetes alakú Borrelia burgdorferi sensu lato: A Borrelia nemzetségen belül, a felismerője, Willy Burgdorfer tiszteletére elnevezett szélesebb értelemben vett csoport. Újabban külön családba sorolják a Borrelia myamotoi kórokozókat.
A Lyme borreliosis, mint a többi Borrelia-fertőzés, több évtized-hosszan is jelentkezhet, hullámzó tünetekkel járhat, és akár egyetlen, de fertőzött kullancs csípését követően kialakul. A létrejött gyulladásos válaszreakció krónikus – már a korai, terjedő bőrgyulladás, az ECM (az ún. Lyme-folt) területén is. A kórfolyamat hullámzóan előre haladó klinikai képpel társul és a teljes szervezetet érintve, tartósan támad, vagy átmenetileg –akár hónapokig-évekig– látszólag „tünet-mentes” megjelenésű. A kórokozó a szervezetben a vérben, a szövetek között, vagy akár sejteken belül is képes megbújni. A Borrelia nagyon változatos és gyorsan változó genetikai állománnyal alkalmazkodik a szélsőségesen eltérő környezethez is, akár az áldozattól rabolt sejtmembránba burkolózva védekezik a szervezet támadása ellen – elhiteti hogy a szervezettel azonos, nem pedig ártalmas külső idegen, aki valójában.
Az autoallergiás folyamatokat éppen a szervezet védőmechanizmusának ilyen elhárítása, elégtelenné módosítása és a kórfolyamat tartós fennállása, valamint a szövetek és a kórokozók közötti azonosságok okozhatják. A szervezet az idegen testet ellenanyagokkal jelöli meg, de éppen ezen ellenanyagok, a Borreliákról levedlett számos makromolekuláris immunkomplex indíthatja el az autoimmun reakciót a szervezetben. Ezen immunkomplexeken belül megtalálhatók a B. b. sensu lato antigénjei, amelyek sokszor az emberi szervezet szövet-antigénjeihez hasonlóak, vagy azzal egyezőek.
A Lyme borreliosis során nem ismert a spontán gyógyulás. Ismételt fertőződések kialakulhatnak, vagy egy régi fertőződés is kiújulhat. A műtét sem segít a kórokozó eltávolításában: az ikonikus ízületi gyulladás nem szűnik meg ízületi protézisek beültetésével. A teljes szervezetet érintő kórfolyamat változatlanul a maga törvényei szerint alakul és válik egyre nehezebben fölismerhetővé és igényel egyre komolyabb, többnyire ismételt kezeléseket.
A Lyme borreliosis különböző betegségek és tünetegyüttesek szokatlanul számos és rendkívül kiterjedt szövevényének látszik – valójában egyszerű fertőződés, amit a kórokozó különlegessége, elsősorban a szervezet válasz-reakcióját gátló képessége tesz páratlanná. A B. burgdorferi sensu lato csoport több mint száz tagját három eltérő klinikai képet okozó, eltérő antibiotikum-érzékenységű csoport alkotja. Ezek közül egy vagy több kombinálódhat és időben változó tünetekkel játszhat szerepet az aktuális betegség alakulásában.
